CRISPR-Cas9 es uno de los avances más significativos de la biología molecular en las últimas décadas. Esta tecnología permite editar el genoma de organismos vivos con una precisión sin precedentes, abriendo posibilidades en medicina, agricultura y biotecnología. Sin embargo, estudiar CRISPR a nivel computacional requiere algo más que un portátil: requiere infraestructura de cómputo de alto rendimiento.

Cuando los investigadores quieren entender cómo interactúa la proteína Cas9 con una secuencia específica de ADN, o cómo un ARN guía se une a su objetivo, recurren a simulaciones de dinámica molecular. Estas simulaciones modelan cada átomo del sistema y calculan sus interacciones con pasos de tiempo en el orden de femtosegundos. Para un sistema biológico real, esto implica millones de átomos y decenas o cientos de nanosegundos de simulación.

Herramientas como GROMACS son estándar en este campo. GROMACS es un software de código abierto optimizado para simulaciones de dinámica molecular que puede ejecutarse en paralelo sobre múltiples procesadores o GPUs, lo que lo hace ideal para entornos HPC.

Nuestro curso CRISPR HPC Express, disponible en NF Innovations Academy, está diseñado para investigadores, estudiantes de posgrado y profesionales científicos que quieren aprender a realizar estas simulaciones de forma eficiente. En 3 semanas, los participantes aprenden a preparar sistemas moleculares, lanzar simulaciones en infraestructura HPC real, analizar trayectorias y extraer conclusiones científicas. Todo el trabajo se realiza con herramientas estándar de la industria, no con software propietario ni configuraciones ficticias.

El acceso a computación de alto rendimiento ya no debe ser un privilegio exclusivo de universidades de países del norte global. Desde Ecuador y Latinoamérica, es posible hacer ciencia de primer nivel con la formación correcta.